O controle a ser exercido pelo Conselho do Fundeb resulta no encaminhamento de situações que requeiram providências por parte do Poder Executivo ou dos órgãos de controle e fiscalização, sobretudo em casos que apontam falhas ou irregularidades eventualmente cometidas, para que as autoridades constituídas, no uso de suas atribuições legais e regimentais, adotem as providências que cada caso venha a exigir.

Além do acompanhamento e controle social dos recursos, os §§ 9º e 13 do artigo 24 e o parágrafo único do artigo 27 da Lei N.º 11.494/2007, acrescentam outras funções ao Conselho do Fundeb, tais como:

a) supervisionar a realização do censo escolar;

b) elaborar a proposta orçamentária anual, no âmbito de suas respectivas esferas governamentais de atuação;

c) instruir, com parecer, as prestações de contas a serem apresentadas ao respectivo Tribunal de Contas. O referido parecer deve ser apresentado ao Poder Executivo respectivo até 30 dias antes do vencimento do prazo para apresentação da prestação de contas ao Tribunal;

d) acompanhar e controlar a execução dos recursos federais transferidos à conta do Programa Nacional de Apoio ao Transporte do Escolar – PNATE, verificando os registros contábeis e os demonstrativos gerenciais relativos aos recursos repassados, responsabilizando-se pelo recebimento e análise da prestação de contas desses programas, encaminhando ao FNDE o Demonstrativo Sintético Anual da Execução Físico-Financeira, acompanhado de parecer conclusivo e, ainda, notificar o órgão Executor dos Programas e o FNDE quando houver ocorrência de eventuais irregularidades na utilização dos recursos.