De acordo com o disposto nos artigos 21 e 22 da Lei N.º 11.494/2007, os recursos devem ser aplicados, no exercício financeiro em que forem creditados, da seguinte maneira:
1. 60% dos recursos recebidos anualmente, no mínimo, para remuneração dos profissionais do magistério em efetivo exercício no segmento da educação básica de competência do respectivo ente governamental.
2. 40% restantes, no máximo, em outras ações de manutenção e desenvolvimento do ensino (§ 1º do art. 21 da Lei N.º 11.494/2007), no segmento da educação básica da competência do respectivo ente governamental, como:
a) remuneração dos demais profissionais da educação (auxiliar de serviços gerais, auxiliar de administração, secretário da escola, merendeira, dentre outros);
b) capacitação do pessoal docente (formação inicial ou continuada) e demais profissionais da educação (formação continuada) por meio de programas com esse objetivo;
c) aquisição, manutenção, construção e conservação de instalações e equipamentos necessários ao ensino;
d) aquisição de imóveis já construídos ou de terrenos para construção de prédios, destinados a escolas;
e) ampliação, conclusão e construção de prédios, poços, muros e quadras de esportes nas escolas e outras instalações físicas de uso exclusivo das unidades escolares;
f) aquisição de mobiliário e equipamentos voltados para o atendimento exclusivo das necessidades das unidades escolares (carteiras e cadeiras, mesas, armários, mimeógrafos, retroprojetores, computadores, televisores, antenas, etc.);
g) manutenção dos equipamentos existentes (máquinas, móveis, equipamentos eletroeletrônicos etc.), seja mediante aquisição de produtos/serviços necessários ao funcionamento desses equipamentos (tintas, graxas, óleos, energia elétrica etc.), seja mediante à realização de consertos diversos (reparos, recuperações, reformas, reposição de peças, revisões etc.);
h) reforma, total ou parcial, de instalações físicas (rede elétrica, hidráulica, estrutura interna, pintura, cobertura, pisos, muros, grades etc.) das unidades escolares da educação básica;
i) uso e manutenção de bens vinculados aos sistemas de ensino, desde que no âmbito da educação básica (aluguel de imóveis e de equipamentos, manutenção de bens e equipamentos – incluindo a realização de consertos ou reparos – conservação das instalações físicas do sistema de ensino prioritário dos respectivos entes federados);
j) levantamentos estatísticos, estudos e pesquisas visando precipuamente ao aprimoramento da qualidade e à expansão do ensino (organização de banco de dados, realização de estudos e pesquisas que visam à elaboração de programas, planos e projetos voltados ao ensino prioritário dos respectivos entes federados);
k) realização de atividades necessárias ao funcionamento do ensino;
l) aquisição de (aquisição de materiais didático-escolares diversos, destinados a apoiar o trabalho pedagógico na escola, material desportivo utilizado nas aulas de educação física, acervo da biblioteca da escola – livros, Atlas, dicionários, periódicos, lápis, borrachas, canetas, cadernos, cartolinas, colas etc.);
m) manutenção de transporte escolar (aquisição de veículos escolares apropriados ao transporte de alunos da educação básica, devidamente equipados e identificados como de uso específico nesse tipo de transporte, em observância ao disposto nos arts. 136 a 139 da Lei Nº 9.503, de 23.09.97 – Código Nacional de Trânsito. Os tipos de veículos destinados ao transporte de alunos, desde que apropriados ao transporte de pessoas, devem reunir adequadas condições de utilização, estar licenciados pelos competentes órgãos encarregados da fiscalização e dispor de todos os equipamentos obrigatórios, principalmente no que tange aos itens de segurança. Podem ser adotados modelos e marcas diferenciadas de veículos, em função da quantidade de pessoas a serem transportadas, das condições das vias de tráfego, dentre outras, podendo, inclusive, ser adotados veículos de transporte hidroviário);
n) amortização e custeio de operações de crédito destinadas a atender ao disposto nos itens acima (quitação de empréstimos – principal e encargos – destinados a investimentos em educação básica, financiamento para construção de escola, por exemplo).
É importante ressaltar que as despesas autorizadas pelos artigos 21 e 22 da Lei N.º 11.494/2007, que encontram correspondência no artigo 70 da Lei N.º 9.394/1996 – LDB, consistem em rol taxativo de gastos classificáveis como ações básicas de manutenção e desenvolvimento do ensino, e que os art. 23 da Lei do Fundeb e art. 71 da LDB veiculam as despesas vedadas pelo ordenamento, com o objetivo de exemplificar o que não pode ser custeado com os recursos do Fundo de Manutenção e Desenvolvimento da Educação Básica.