Dirigida por um Secretário Municipal de Limpeza Urbana, com o auxílio de um Subsecretário de Gestão, um Subsecretário Operacional e um Subsecretário de Parques, Praças e Jardins, a SEMULSP tem a seguinte estrutura operacional:
I – ÓRGÃOS DE ASSISTÊNCIA E ASSESSORAMENTO
a) Gabinete;
b) Diretoria de Área Técnica;
c) Assessoria Técnica;
II – ÓRGÃOS DE APOIO À GESTÃO
a) Subsecretaria de Gestão;
1. Diretoria de Área Administrativa e Financeira
1.1. Departamento de Planejamento
1.1.1. Divisão Administrativa
1.1.1.1. Gerência de Patrimônio e Almoxarifado
1.1.1.2. Gerência de Tecnologia da Informação
1.1.1.3. Gerência de Contratos
1.1.1.4. Gerência de Manutenção Interna
1.1.2. Divisão de Contabilidade e Finanças
1.1.2.1. Gerência de Compras
1.1.2.2. Gerência de Planejamento e Gestão Orçamentária
1.1.3. Divisão de Gestão de Pessoas
1.1.3.1. Gerência de Recursos Humanos
1.1.3.2. Gerência de Serviço Social e Ambulatorial
1.1.4. Divisão de Logística
1.1.4.1. Gerência de Transporte
1.1.4.2. Gerência de Apoio Operacional
1.2. Departamento de Engenharia e Projetos
1.2.1. Subgerência de Segurança do Trabalho
1.3. Departamento de Controle Interno
1.4. Departamento de Cemitérios
1.4.1. Divisão de Serviços Funerários
1.4.1.1. Gerência de Cremação
1.4.1.2. Gerência de Cemitérios
III – ÓRGÃOS DE ATIVIDADES FINALÍSTICAS
a) Subsecretaria Operacional
1. Departamento Operacional
1.1. Divisão de Limpeza Urbana
1.1.1. Gerência de Apoio Administrativo
1.1.2. Gerência de Apoio Operacional
1.1.3. Gerência de Limpeza de Igarapés
2. Departamento de Coleta
3. Departamento de Aterro Sanitário
3.1. Divisão de Tráfego e Pesagem da Balança
b) Subsecretaria de Parques, Praças e Jardins
1. Departamento Operacional
1.1. Divisão de Paisagismo
1.1.1. Gerência de Manutenção Externa
1.1.1.1. Subgerência de Apoio Operacional
1.1.1.2. Núcleo de Produção de Mudas
1.1.1.3. Núcleo de Serralheria
