A estrutura operacional da SEMMA dispõe de quatro coordenadorias voltadas para as atividades-fim. São elas: Coordenadoria de Gestão Territorial e Ambiental, Coordenadoria de Qualidade e Controle Ambiental, Coordenadoria de Arborização e Paisagismo e Coordenadoria de Áreas Protegidas.

A Coordenadoria de Gestão Territorial e Ambiental tem por finalidade estudar, avaliar, propor e estimular espaços territoriais especialmente protegidos no âmbito do município e executar a política ambiental referente à estas áreas; sugerir instrumentos de melhoria da qualidade ambiental; gerenciar o Sistema de Informações Ambientais (SIA) em Manaus; realizar o zoneamento ecológico ambiental e realizar levantamentos topográficos nas áreas de interesse ambiental no município de Manaus; definir e desenvolver a política para a Educação Ambiental, entre outras atividades.

A Coordenadoria de Qualidade e Controle Ambiental, entre outras atividades, tem por finalidade orientar, planejar, ordenar e coordenar as atividades fiscalização, controle, licenciamento, monitoramento e gestão da qualidade ambiental; fazer cumprir normas e padrões pertinentes à qualidade do ar, água e solo, ruídos, vibrações e estética; manter atualizados cadastros e registros estatísticos relativos ao controle ambiental; propor, executar e participar de projetos que visem ao monitoramento e ao controle de qualidade ambiental; participar no controle da produção, armazenamento, transporte, comercialização, utilização e destino final de substâncias que comportem risco efetivo ou potencial para a qualidade de vida e meio ambiente.

A Coordenadoria de Arborização e Paisagismotem por finalidade, entre outras atividades, promover a produção de mudas arbóreas, arbustivas e herbáceas para atender a demanda das frentes de trabalho; promover a pesquisa, estudo, experimentação e divulgação de atividades ligadas às suas atribuições, funções e objetivos; estimular e executar o reflorestamento, a recuperação de áreas degradadas, a arborização, com fins ecológicos e paisagísticos, no âmbito do município, além de planejar e executar o Programa de Arborização da Cidade de Manaus.

A Coordenadoria de Áreas Protegidas tem por finalidade orientar, planejar, ordenar e coordenar as atividades nas Unidades de Conservação do município; estudar, propor, avaliar executar e participar de projetos que visem ao monitoramento e ao controle de Áreas Protegidas na cidade e fazer cumprir normas e padrões para a manutenção da qualidade e conservação das mesmas; implantar e gerenciar as Reservas Particulares do Patrimônio Natural - RPPNs, os Corredores Ecológicos e as Áreas de Proteção Ambiental - APAs, no âmbito do município, entre outras finalidades.

A criação da SEMMA significou o primeiro passo da Administração Municipal para institucionalizar uma estrutura nos moldes do que foi propugnado pela Lei Federal nº 6.938/81, que instituiu o Sistema Nacional de Meio Ambiente - SISNAMA.

Em 1993, foi criado o Fundo Municipal para o Meio Ambiente - FMMA, vinculado à SEMMA, através da Lei Municipal nº 219. O Fundo é administrado pela Secretária da SEMMA, está sob fiscalização do Conselho Municipal de Desenvolvimento e Meio Ambiente - COMDEMA, e tem por finalidade criar condições financeiras e de gerência de recursos destinados ao desenvolvimento das ações e serviços relativos ao meio ambiente.

Corredores Ecológicos: convênio em parceria com o Ministério do Meio Ambiente para a implantação de porções de ecossistemas naturais ou semi-naturais interligando áreas protegidas, ação de relevante importância na medida em que preservará toda uma área com risco de desaparecimento.

Implantação da RVS Sauim-Castanheira: projeto que visa a revitalização da nascente do Igarapé do 40, e que trará grandes benefícios para a comunidade local, realizado em parceria com o Governo do Estado.

Implantação do Sistema de Informação Ambiental (SIA): o SIA está previsto no Código Ambiental do Município - Lei 605/01, e atualmente está em fase avançada a montagem do Laboratório de Geoprocessamento da SEMMA, que terá uma função essencial na agilização da fiscalização, licenciamento e monitoramento ambiental para acompanhar e avaliar a recuperação de ecossistemas e áreas degradadas.

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