Tendo a construção realizada pelo Lions Clube, a Fundação Dr. Thomas surgiu em 1909, com o objetivo hospitalar para abrigar pacientes acometidos por uma epidemia de varíola, contudo, ao encerrar a construção do mesmo a epidemia já estava controlada.
Nesse ensejo, o local passou a chamar-se "Asilo de Mendicidade de Manaus", abrigando assim pessoas de várias idades, que estavam em situação de rua ou mendicância na cidade de Manaus.
Em 1937, a instituição passou a chamar-se "Asilo de Mendicidade Dr. Thomas", visando homenagear o médico sanitarista canadense, que prestou serviços de demasiada relevância na época.
Dr. Thomas trouxe para Manaus o primeiro laboratório de análises clínicas, sendo pesquisador descobriu ainda o agente causador da malária, entre outras pesquisas realizadas.
Somente em 1967, o "Asilo de Mendicidade" passou a chamar-se Fundação Dr. Thomas, visto ter sido entregue para a prefeitura providenciar a administração.
Desde então, a FDT estabeleceu critérios para abrigar apenas idosos, sendo que atualmente residem cerca de 121 idosos de ambos os sexos, compreendidos entre a faixa etária de 60 à 103 anos, em apartamentos individuais e pavilhões coletivos, além do acompanhamento personalizado por equipes multiprofissionais, que atuam diretamente com uma visão gerontológica.