A Fundação Dr. Thomas surgiu em 1909, com o nome de SOCIEDADE ASILO DE MENDICIDADE DE MANAUS. Em 1932 passou a chamar-se ASILO DE MENDICIDADE “DOUTOR THOMAS”, em homenagem ao médico canadense HAMILTON WOLFERSTAN THOMAS, pelos relevantes serviços prestados ao Amazonas, num período de vinte anos, quando trouxe o primeiro laboratório de análises clínicas, descobrindo como pesquisador o agente causador da malária. Nesse ensejo abrigava pessoas de várias idades em estado de mendincância e moradores de rua, sendo a maioria idosa. Por identificar essa demanda, passou a desenvolver o trabalho de assistência direcionando o atendimento a população idosa da cidade.  A construção de uma estrutura tornou-se possível por iniciativa do Lions Clube e apoio da loja Maçônica, na época.
Em 30 de novembro de 1967 a Câmara Municipal de Manaus, por meio da Lei nº 995, autorizou o Prefeito Municipal a criar a FUNDAÇÃO “DOUTOR THOMAS”, como uma Instituição filantrópica da administração indireta e mantida pela Prefeitura de Manaus.